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Profile
MATSUNAGA Yasuhiro
| ■Faculty: | Graduate School of Science and Engineering | ■TEL: | ||
| ■Position: | Associate Professor | ■FAX: | ||
| ■Address: | Shimo-Okubo 255, Sakura-ku, Saitama-shi, 338-8570 JAPAN | ■Mail Address: | ymatsunaga＠mail.saitama-u.ac.jp | |
| ■Web site: | https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp |
Profile
Assigned Class
- Faculty of Engineering
Academic Background
- Degree
- D.Sci. , Kobe University
Research
Books, Articles, etc.
- Books
-
膜タンパク質工学ハンドブック 第3章 シミュレーション 膜タンパク質の全原子分子動力学シミュレーション
エヌ・ティー・エス:142-146 204001
ISBN:978-4-86043-537-0 C3045
森貴治、松永康佑、杉田有治 -
実験医学増刊 Vol.38 No.20 機械学習を生命科学に使う！ 第4章 統計解析 Ⅱ. 動態・状態解析 4．分子シミュレーションと実験データを統合する機械学習手法
羊土社:178-185 201214
ISBN:978-4-7581-0391-6
松永康佑 - Articles
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End-to-End Differentiable Blind Tip Reconstruction for Noisy Atomic Force Microscopy Images
,Scientific Reports,13:129 (16 pages) 2023
Y. Matsunaga, S. Fuchigami, T. Ogane, and S. Takada -
gRESTシミュレーションによるVHH抗体の構造サンプリング
,理論化学会会誌「フロンティア」,1月号(通巻17号):13-22 2023
松永康佑, 東田連 -
Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior
,Journal of Chemical Theory and Computation,20(1):436-450 2023
T. Ishizone, Y. Matsunaga, S. Fuchigami and K. Nakamura -
Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation
,Biophysical Reviews,14:1503–1512 2022
Y. Matsunaga, M. Kamiya, H. Oshima, J. Jung, S. Ito, and Y. Sugia -
Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images
,PLoS Computational Biology,18:e1010384 (23 pages) 2022
T. Ogane, D. Noshiro, T. Ando, A. Yamashita, Y. Sugita, and Y. Matsunaga -
Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics
,Antibodies,11:10 (18 pages) 2022
T. Murakami, S. Kumachi, Y. Matsunaga, M. Sato, K. Wakabayashi-Nakao, H. Masaki, R. Yonehara, M. Motohashi, N. Nemoto, and M. Tsuchiya -
Coarse-Grained Modeling of Multiple Pathways in Conformational Transitions of Multi-Domain Proteins
,Journal of Chemical Information and Modeling,61:2427–2443 2021
A. Shinobu, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure
,PLoS Computational Biology,17:e1009215 (24 pages) 2021
T. Niina, Y. Matsunaga, and S. Takada -
Structural and energetic analysis of metastable intermediate states in the E1P-E2P transition of Ca2+-ATPase
,Proceeding of the National Academy of Sciences of the United States of America,118:e2105507118 (8 pages) 2021
C. Kobayashi, Y. Matsunaga, J. Jung, Y. Sugita -
タンパク質の構造変化をどのように記述するか――生体分子におけるパスサンプリング手法の発展
,日本物理学会誌 ,76(11):714-722 2021
松永康佑、藤崎弘士、森次圭 -
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering
,Life,11:1428 (13 pages) 2021
R. Higashida, Y. Matsunaga -
Use of single-molecule time-series data for refining conformational dynamics in molecular simulations
,Current Opinion in Structural Biology,61:153-159 2020
Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
全原子分子動力学シミュレーションが解き明かす多剤排出トランスポーターAcrBの薬剤排出機構
,生物物理,59(2):084-087 2019
松永康佑 -
理論系から見た分子集合体の機能設計 ―タンパク質の機能ダイナミクス
,日本化学会 第二次先端ウォッチング調査：融合領域の創成:31-34 2019
松永康佑 -
Building a macro-mixing dual‑basin Gō model using the Multistate Bennett Acceptance Ratio
,Biophysics and Physicobiology,16:310-321 2019
A. Shinobu, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
Exploring Configuration Space and Path Space of Biomolecules Using Enhanced Sampling Techniques—Searching for Mechanism and Kinetics of Biomolecular Functions
,Journal of Molecular Sciences,19:3177 (19 pages) 2018
H. Fujisaki, K. Moritsugu, and Y. Matsunaga -
Linking time-series of single-molecule experiments with molecular dynamics simulations by machine learning
,eLife,7:e32668 (19 pages) 2018
Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
Refining Markov State Models for conformational dynamics using ensemble-averaged data and time-series trajectories
,The Journal of Chemical Physics,148:241731 (7 pages) 2018
Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB
,eLife,7:e31715 (19 pages) 2018
Y. Matsunaga, T. Yamane, T. Terada, K. Moritsugu, H. Fujisaki, S. Murakami, M. Ikeguchi, and A. Kidera -
スーパーコンピューター「京」によって解明された多剤排出トランスポーターの薬剤排出機構
,バイオサイエンスとインダストリー,76:410-412 2018
松永康佑 - Presentation
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味覚受容体1型の全原子分子動力学シミュレーション
第3回「富岳」成果創出加速プログラム研究交流会 202403
岡田一真、松永康佑 -
1分子FRET計測と分子動力学シミュレーションを統合したProtein Gのフォールディング経路解析
第3回「富岳」成果創出加速プログラム研究交流会 202403
小田奏一郞、松永康佑 -
味覚受容体1型の全原子分子動力学シミュレーション
第37回分子シミュレーション討論会 202312
岡田一真、松永康佑 -
1分子FRET計測と分子動力学シミュレーションを統合したProtein Gのフォールディング経路解析
第37回分子シミュレーション討論会 202312
小田奏一郞、松永康佑 -
言語モデルをベースにしたVHH抗体物性予測モデルの開発
第2回日本抗体学会学術大会 202312
外立悠貴、松永康佑 -
インシリコモデリングへ向けたVHH抗体の分子シミュレーション
第2回日本抗体学会学術大会 202312
松永康佑 -
All-atom molecular dynamics simulations of Taste receptor type 1
第61回日本生物物理学会年会 202311
Kazuma Okada, Yasuhiro Matsunaga -
Integrative modeling of protein G folding dynamics from single-molecule FRET and molecular dynamics simulations
第61回日本生物物理学会年会 202311
Soichiro Oda, Yasuhiro Matsunaga -
Accelerating end-to-end differentiable blind tip reconstruction algorithm for fast reconstruction of molecular surfaces
第61回日本生物物理学会年会 202311
Ryuhei Oshima, Yasuhiro Matsunaga -
Bayesian optimization of nanobody sequences with a fine-tuned language model
第61回日本生物物理学会年会 202311
Hironori Matsubara, Yasuhiro Matsunaga -
End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images
第61回日本生物物理学会年会 202311
Yasuhiro Matsunaga -
味覚受容体1型の全原子分子動力学シミュレーション
第4回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202311
岡田一真、松永康佑 -
ウイルスカプシド構造のタイリングによる解析
第4回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202311
松永康佑 -
Integrative modeling of biomolecular dynamics from molecular dynamics simulations and single-molecule experiments
The 6th International Conference on Molecular Simulation (ICMS2023) 202310
Yasuhiro Matsunaga -
Integrative Modeling of Biomolecular Dynamics from Molecular Dynamics Simulations and Single-Molecule Experiments
Multi-scale Molecular Dynamics Simulation and Machine Learning of Biomolecular Systems 202308
Yasuhiro Matsunaga -
実験とシミュレーションを統合した生体分子構造ダイナミクスのモデリング
第40回関東CAE懇話会 202204
松永康佑 -
エンドツーエンドで微分可能なトラジェクトリ解析ツールの開発
第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202203
松永康佑 -
高速原子間力顕微鏡の探針形状推定法の開発
第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202203
大嶋龍平, 大金智則, 松永康佑 -
自由エネルギー摂動法によるVHH抗体配列の最適化
第2回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202203
岡田一真, 小田 奏一郎, 松永康佑 -
分子動力学シミュレーションを活用したNanobody-抗原複合体のアンサンブルドッキング
日本生物物理学会第77回年次大会 202203
山口皓平, 松永康佑 -
生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門
スパコンコロキウム第4回 202202
松永康佑 -
生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング
第3回ピコバイオロジー研究会 202201
松永康佑 -
生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング
第4回ワークショップ「レア・イベント解析とデータ科学」 202112
松永康佑 -
生体分子構造ダイナミクスの統合モデリング
統計物理と統計科学のセミナー 202111
松永康佑 -
分子動力学シミュレーションによるNanobody結合過程の解析
第35回分子シミュレーション討論会 202111
相場洸輝, 根本直人, 松永康佑 -
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loops by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering
第59回日本生物物理学会 202111
Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga -
Hidden Markov Modeling of Biomolecular Conformational Dynamics from Atomic Force Microscopy Time-Series Images
第59回日本生物物理学会 202111
Tomonori Ogane, Yasuhiro Matsunaga -
高速原子間力顕微鏡時系列データの隠れマルコフモデリング
日本物理学会2021年秋季大会 202109
大金智則, 松永康佑 -
gREST法によるNanobody CDR H3ループ構造のサンプリング
日本物理学会2021年秋季大会 202109
東田連, 松永康佑 -
VHH抗体の構造と熱安定性のモデリング
計算メディカルサイエンスワークショップ2021 202109
松永康佑 -
Hidden Markov Modeling of Biomolecular Conformational Dynamics from Atomic Force Microscopy Time-Series Images
第21回日本蛋白質科学会 202106
Tomonori Ogane, Yasuhiro Matsunaga -
Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loops by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering
第21回日本蛋白質科学会 202106
Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga -
高速AFM時系列データの隠れマルコフモデリング
第1回生体分子シミュレーション・モデリング研究会 202103
大金智則、松永康佑 -
Integrative modeling of protein dynamics from experimental data and molecular dynamics simulations
第43会日本分子生物学会年会 202012
Yasuhiro Matsunaga -
Integrative modeling of protein dynamics from single-molecule experiments and molecular dynamics simulations
第58回日本生物物理学会年会 202009
Yasuhiro Matsunaga -
計測とシミュレーションを統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング
第93回日本生化学会大会 202009
松永康佑 -
Infinite-swap limit in generalized replica exchange with solute tempering
第20回日本蛋白質科学会 202007
Hiroaki Nakayama, Yasuhiro Matsunaga -
Bayesian analysis of high-speed atomic force microscopy images towards integrative modeling of biomolecular dynamics
第20回日本蛋白質科学会 202007
Tomonori Ogane, Yasuhiro Matsunaga -
Integrative modeling of protein dynamics from time-series data of single-molecule experiments and molecular dynamics simulations
14th Asia-Pacific Physics Conference (APPC2019) 201911
Y. Matsunaga, and Y. Sugita -
計算科学と多剤排出トランスポーターAcrB
第14回トランスポーター研究会 201907
松永康佑 -
シミュレーションと1分子計測を統合したタンパク質ダイナミクスのモデリング
第19回日本蛋白質科学会年会 201906
松永康佑