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プロフィール

大塚　裕一 オオツカ ユウイチ

■所属部署名 理工学研究科 生命科学系専攻 分子生物学コース ■電話番号 070-8819-4666
■職名 准教授 ■FAX番号
■住所 埼玉県さいたま市桜区下大久保255 ■メールアドレス otsukay＠mail.saitama-u.ac.jp
■ホームページURL

プロフィール

兼担研究科・学部

理学部 分子生物学科

研究分野

分子微生物学

所属学会

所属学会
日本分子生物学会
日本細菌学会

学歴

出身大学院・研究科等
2003 , 大阪大学 , 博士後期 , 理学研究科 , 生物科学専攻 , 修了
2000 , 大阪大学 , 博士前期 , 理学研究科 , 生物科学専攻 , 修了
出身学校・専攻等(大学院を除く)
1998 , 大阪大学 , 理学部 , 生物学科 , 卒業
取得学位
理学博士 , 大阪大学

研究職歴等

研究職歴
2018 , 埼玉大学大学院理工学研究科 准教授
2014 - 2018 , 獨協医科大学医学部 助教
2009 - 2014 , 大阪大学大学院理学研究科 助教
2004 - 2009 , 米国オハイオ州立大学 博士研究員

研究活動業績

研究業績(著書・発表論文等)

著書
Endoribonucleases of the toxin-antitoxin systems induce abortive infection’ in “RNA Damage and Repair”
Springer Nature:Pages 3-26 202107
ISBN:978-3-030-76570-5
Yuichi Otsuka

Approaches for studying PMR1 endonuclease-mediated mRNA decay
Academic Press, USA:241-263 2008
Otsuka Y, and Schoenberg DR

論文
Phage single-stranded DNA-binding protein or host DNA damage triggers the activation of the AbpAB phage defense system
mSphere,8(6):e0037223 2023
Takaomi Sasaki, Saya Takita, Takashi Fujishiro, Yunosuke Shintani, Satoki Nojiri, Ryota Yasui, Tetsuro Yonesaki, Yuichi Otsuka

Manipulating interactions between T4 phage long tail fibers and Escherichia coli receptors.
Appl. Environ. Microbiol. ,87(13):e00423-21 2021
Akiyo Suga, Marina Kawaguchi, Tetsuro Yonesaki, Yuichi Otsuka

The hokW-sokW locus encodes a type I toxin–antitoxin system that facilitates the release of lysogenic Sp5 phage in enterohemorrhagic Escherichia coli O157.
Toxins (Basel),13(11):796 2021
Kosuke Takada, Kotone Hama, Takaomi Sasaki, Yuichi Otsuka

A short peptide derived from the ZorO toxin functions as an effective antimicrobial.
Toxins,11(7):392; DOI:10.3390/toxins11070392 2019
Otsuka Y, Ishikawa T, Takahashi C, and Masuda M.

RnlB antitoxin of the Escherichia coli RnlA-RnlB toxin–antitoxin module requires RNase HI for inhibition of RnlA toxin activity
Toxins,9(1):29 2017
Naka K, Qi D, Yonesaki T, and Otsuka Y
電子ジャーナル

Characterization of the interactions between Escherichia coli receptors, LPS and OmpC, and bacteriophage T4 long tail fibers
Microbiologyopen,5(6):1003-1015 2016
Washizaki A, Yonesaki T, and Otsuka Y
電子ジャーナル

Structural insights into the inhibition mechanism of bacterial toxin LsoA by bacteriophage antitoxin Dmd
Mol Microbiol,101(5):757-769 2016
Wan H, Otsuka Y, Gao ZQ, Wei Y, Chen Z, Masuda M, Yonesaki T, Zhang H, and Dong YH
電子ジャーナル

Prokaryotic toxin–antitoxin systems: novel regulations of the toxins
Curr Genet,62(2):379-382 2016
Otsuka Y, and Schoenberg DR
電子ジャーナル

An ADP-ribosyltransferase Alt of bacteriophage T4 negatively regulates the Escherichia coli MazF toxin of a toxin–antitoxin module
Mol Microbiol,99(1):188-198 2016
Alawneh AM, Qi D, Yonesaki T, and Otsuka Y
電子ジャーナル

Rapid degradation of host mRNAs by stimulation of RNase E activity by Srd of bacteriophage T4
Genetics,201(3):977-987 2015
Qi D, Alawneh AM, Yonesaki T, and Otsuka Y
電子ジャーナル

AbpA and AbpB provide anti-phage activity in Escherichia coli
Genes Genet Syst,89(2):51-60 2014
Yasui R, Washizaki A, Furihata Y, Yonesaki T, and Otsuka Y

RNase HI stimulates the activity of RnlA toxin in Escherichia coli
Mol Microbiol,91(3):596-605 2014
Naka K, Koga M, Yonesaki T, and Otsuka Y
電子ジャーナル

Structure-function studies of Escherichia coli RnlA reveal a novel toxin structure involved in bacteriophage resistance
Mol Microbiol,90(5):956-965 2013
Wei Y, Gao ZQ, Otsuka Y, Naka K, Yonesaki T, Zhang H, and Dong YH
電子ジャーナル

Identification of the human PMR1 mRNA endonuclease as an alternatively processed product of the gene for peroxidasin-like protein
RNA,18(6):1186-1196 2012
Gu SQ, Bakthavachalu B, Han J, Patil DP, Otsuka Y, Guda C, and Schoenberg DR
電子ジャーナル

Dmd of bacteriophage T4 functions as an antitoxin against Escherichia coli LsoA and RnlA toxins
Mol Microbiol,83(4):669-681 2012
Otsuka Y, and Yonesaki T

Escherichia coli rnlA and rnlB compose a novel Toxin–Antitoxin system
Genetics,187(1):123-130 2011
Koga M, Otsuka Y, Lemire S, and Yonesaki T
電子ジャーナル

新世代のファージ研究
生産と技術,62:55-58 2010
米崎哲朗、大塚裕一

IscR regulates RNase LS activity by repressing rnlA transcription
Genetics,185(3):823-830 2010
Otsuka Y, Miki K, Koga M, Katayama N, Morimoto W, Takahashi Y, and Yonesaki T
電子ジャーナル

Identification of a cytoplasmic complex that adds a cap onto 5'-monophosphate RNA
Mol Cell Biol,29(8):2155-2167 2009
Otsuka Y, Kedersha NL, and Schoenberg DR
電子ジャーナル

A role of RnlA in the RNase LS activity from Escherichia coli
Genes Genet Syst,82(4):291-299 2007
Otsuka Y, Koga M, Iwamoto A, and Yonesaki T

Polysome-bound endonuclease PMR1 is targeted to stress granules via stress-specific binding to TIA-1
Mol Cell Biol,26(23):8803-8813 2006
Yang F, Peng Y, Murray EL, Otsuka Y, Kedersha N, and Schoenberg DR

A novel endoribonuclease, RNase LS, in Escherichia coli
Genetics,169(1):13-20 2005
Otsuka Y, and Yonesaki T

大腸菌mRNAの分解
蛋白質核酸酵素,48:240-246 2003
大塚裕一、米崎哲朗

Escherichia coli endoribonucleases involved in cleavage of bacteriophage T4 mRNAs
J Bacteriol,185(3):983-990 2003
Otsuka Y, Ueno H, and Yonesaki T

Gene 61.3 of bacteriophage T4 is the spackle gene
Virology,260(2):254-259 1999
Kai T, Ueno H, Otsuka Y, Morimoto W, and Yonesaki T

学会発表
大腸菌の抗ファージ因子AbpA-AbpBの活性化機構の解明
第3回ファージセラピー研究会 202309
滝田彩耶, 大塚裕一

DUF4297–HerAによる抗ファージ作用
第1回ファージ若手会 202309
新谷優之介, 大塚裕一

トキシンーアンチトキシンシステムの活性化に関わるファージ因子の同定と解析
第1回ファージ若手会 202309
隠岐大稀, 大塚裕一

大腸菌の抗ファージ因子AbpA-AbpBの活性化機構の解明
第10回ファージ研究会 202308
滝田彩耶, 大塚裕一

大腸菌O157株がもつトキシン-アンチトキシン系ECs3274-ECs3275の解析
第10回ファージ研究会 202308
劉可, 大塚裕一

ファージ尾繊維と大腸菌レセプター分子OmpCの相互作用
第10回ファージ研究会 202308
寺﨑陽香, 大塚裕一

細菌とファージの生存競争
第96回日本細菌学会総会 202303
大塚裕一

大腸菌O157株がもつトキシン-アンチトキシン系ECs3274-ECs3275の解析
第96回日本細菌学会総会 202303
佐々木優香, 大塚裕一

ファージ尾繊維とレセプター分子OmpCの相互作用
第2回ファージセラピー研究会 202211
寺﨑陽香, 大塚裕一

大腸菌AbpAとAbpBによる抗ファージ作用に関連する因子の探索
第9回ファージ研究会 202209
滝田彩耶, 大塚裕一

ファージがコードするトキシン－アンチトキシンシステムhokW-sokW の発現制御
第9回ファージ研究会 202209
劉可, 大塚裕一

ファージ尾繊維とレセプター分子OmpCの相互作用
第9回ファージ研究会 202209
寺﨑陽香, 大塚裕一

大腸菌O157株がもつトキシン–アンチトキシン系ECs3274-ECs3275の解析
第95回日本細菌学会総会 202203
佐々木優香、大塚裕一

腸管出血性大腸菌O157株がもつZorOトキシンの作用機序の解明と抗菌ペプチドへの応用
第93回日本細菌学会総会 202002
大塚裕一

腸管出血性大腸菌O157株がもつZorOトキシンの作用機序の解明と抗菌ペプチドへの応用
第42回日本分子生物学会年会 201912
大塚裕一

細菌とファージとの攻防 〜トキシン・アンチトキシン系〜
第17回微生物研究会「微生物分子生物学のフロンティア」 201811
大塚裕一

この世はウイルスだらけ
日本微生物学連盟フォーラム,「微生物：変わり者たちの素顔」 201712
大塚裕一

細菌とファージの生存戦略：トキシン－アンチトキシン系の制御
第39回日本分子生物学会年会 201612
大塚裕一

細菌のトキシン－アンチトキシン系とファージ感染との関係
第89回日本細菌学会総会 201603
大塚裕一

ファージ療法・T4ファージを用いた新しいチャレンジ
日本農芸化学会西日本支部大会シンポジウム 201409
大塚裕一

Toxin–Antitoxin Systems in Escherichia coli O157 and Bacteriophage T4 Infection
BIT’s 2nd Annual World Congress of Microbes–2012 201207
Otsuka Yuichi

トキシン－アンチトキシンとT4ファージ
第3回ファージ研究会「バクテリオファージ研究の可能性と課題」 201008
大塚裕一

5' capping of endonuclease-generated decay intermediates by a cytoplasmic capping enzyme complex
Keystone Symposia 2008: Translational Regulatory Mechanisms 200802
Otsuka Yuichi

研究費

科学研究費補助金(研究代表者)
2023-2025 , 新規の抗ファージ機構が薬剤耐性菌の拡大を抑える , 科学研究費補助金、基盤研究（C）（一般）
2020-2023 , トキシン－アンチトキシン系を利用して薬剤耐性菌の拡大を抑える , 科学研究費補助金、基盤研究（C）（一般）
2017-2019 , 薬剤耐性菌や病原菌の蔓延の抑制：トキシン－アンチトキシン系を利用して , 科学研究費補助金、基盤研究（C）（一般）
2013-2016 , 細菌が持つトキシン－アンチトキシン系の機能解析とその応用 , 科学研究費補助金、若手研究（B）
2009-2010 , 細胞質におけるRNAキャップ付加反応と細胞ストレスや翻訳の関係 , 科学研究費補助金、研究活動スタート支援
科学研究費補助金(研究分担者)
2011-2014 , ファージによる宿主認識機構の検証 , 科学研究費補助金、基盤研究（C）（一般）
その他公的資金
2008-2009 , Relationship of cytoplasmic capping to translation and cell stress,米国心臓協会、ポスドク助成金
2006-2008 , Relationship of cytoplasmic capping to translation and mRNA decay,米国心臓協会、ポスドク助成金

研究諸活動

その他の研究諸活動
2018-2018 , 栃木サイエンスらいおんカフェ Vol.63　微生物カフェ , サイエンスカフェ（研究内容の紹介）
2017-2017 , 栃木県高等学校教育研究会理科部会 科学研究会 , 実験指導員 , 高校理科教員を対象とした実験指導
2017-2018 , 栃木県立宇都宮女子高等学校SSH , 研究指導員 , 実験指導（週に１回）
2014-2017 , 日本ウイルス学会主催 高校生のためのウイルス学体験講座 , 実験指導員 , 毎年２日間開催