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プロフィール

根本 直人 ネモト ナオト

所属部署名 理工学研究科 物質科学部門 電話番号
職名 教授 ■FAX番号
住所 埼玉県さいたま市桜区下大久保255 ■メールアドレス nemoto@fms.saitama-u.ac.jp
■ホームページURL http://park.saitama-u.ac.jp/~nemoto/

プロフィール

兼担研究科・学部

工学部 機能材料工学科 生体分子機能分野
脳末梢科学研究センター/先端産業国際ラボラトリー

研究分野

進化分子工学
分子生物物理学

所属学会

所属学会
日本ペプチド学会
American Biophysical Society
日本分子生物学会
日本生物物理学会

学歴

取得学位
博士 , 埼玉大学

研究活動業績

研究業績(著書・発表論文等)

著書
Evolutionary Molecular Engineering to Efficiently Direct in vitro Protein Synthesis
InTech:51-62 2012
ISBN:ISBN 978-953-51-0803-0
Manish Biyani, Madhu Biyani, Naoto Nemoto and Yuzuru Husimi

酵素分子の高速人工進化のためのナノバイオセンシング
シーエムシー出版,バイオナノプロセス 2008*3
一木隆範、マニッシュ・ビヤニ、根本直人

論文
A pull-down method with a biotinylated bait protein prepared by cell-free translation using a puromycin-linker
,Analytical Biochemistry,434:93-95 2013
Yuki Mochizuki, Fumiaki Kohno, Koichi Nishigaki, Naoto Nemoto

RNAワールドからいかにしてRNPワールドは生じたか
,Viva Origino,41(Supplement):50 2013
根本直人、熊地重文、伏見譲

Antagonistic effect of disulfide-rich peptide aptamers selected by cDNA display on interleukin-6-dependent cell proliferation
,Biochemical and Biophysical Research Communications,421:129-133 2012
Naoto Nemoto, Chihiro Tsutsui, Junichi Yamaguchi, Shingo Ueno, Masayuki Machida, Toshikatsu Kobayashi, Takafumi Sakai

In vitro selection of a novel peptide antagonist of growth hormone secretagogue receptor using cDNA display
,Proc Natl Acad Sci U S A.,109:11121-11126 2012
Shingo Ueno, Sayaka Yoshida, Anupom MONDAL, Kazuya Nishina, Makoto Koyama, Ichiro Sakata, Kenju Miura, Yujiro Hayashi, Naoto Nemoto, Koichi Nishigaki, and Takafumi Sakai

Photoassisted Recovery of DNA Molecules for On-chip Directed Evolution
,J. Photopolym. Sci. Technol.,25(1):67-72 2012
S. Ueno, A. Ono, R. Kobayashi, Y. Tanaka, S. Sato, M. Biyani, N. Nemoto, and T. Ichiki

Improvement of a puromycin-linker to extend the selection target varieties in cDNA display method.
, J Biotechnol.,162:299–302 2012

cDNA Display: Rapid Stabilization of mRNA Display
,Methods in Mol. Biol.,805:113-135 2012
Shingo Ueno and Naoto Nemoto

Generation of Functional Peptides Consisting of Four Types of Amino Acids by a cDNA Display Method.
,Protein Science,21(Suppl 1):86-87 2012
S. Kumachi, M. Suzuki, K. Nishigaki,Y. Husimi and N. Nemoto

Evolution of Disulfide-Rich Peptide Aptamers Using cDNA Display
,Methods in Mol. Biol.,805:237-250 2012
Yuki Mochizuki and Naoto Nemoto

In Vitro Evolution of an Enzyme by cDNA Display Method.
,Protein Science,21(Suppl 1):183 2012
N. Nemoto and S. Ueno.

Directed evolution of a three-finger neurotoxin using cDNA display yields antagonists as well as agonists of interleukin-6 receptor signaling
,Molecular Brain,4:2 2011
Naimuddin, M. , Kobayashi, S. , Tsutsui, C., Machida, M. , Nemoto, N. , Sakai, T. and Kubo, T.

Novel High-Affinity Aβ-Binding Peptides Identified by an Advanced In vitro
,Protein Pept Lett.,18(6):642-650 2011
Tsuji-Ueno S, Komatsu M, Iguchi K, Takahashi M, Yoshino S, Suzuki M, Nemoto N, Nishigaki K.

DNA-linked protein array for high-throughput proteomics: from spatially unknown DNA arrays to identifiable protein arrays
,Nano LIFE,1:33-43 2010
Biyani, M., Nemoto, N., Ichiki, T

Gel shift selection of translation enhancer sequences using messenger RNA display
,Anal. Biochem.,409(1):105-111 2010
Biyani M, Biyani M, Nemoto N, Ichiki T, Nishigaki K, Husimi Y.

cDNA display: a novel screening method for functional disulfide-rich peptides by solid-phase synthesis and stabilization of mRNA-protein fusions.
,Nucleic Acids Res,37:e108 2009
Yamaguchi J, Naimuddin M, Biyani M, Sasaki T, Machida M, Kubo T, Funatsu T, Husimi Y, Nemoto N.

Development of systemic in vitro evolution and its application to generation of peptide-aptamer-based inhibitors of cathepsin E
,J Mol Biol,387(5):1186-1198 2009
Kitamura K, Yoshida C, Kinoshita Y, Kadowaki T, Takahashi Y, Tayama T, Kawakubo,T, Naimuddin M, Salimullah M, Nemoto N, Hanada K, Husimi Y, Yamamoto K, Nishigaki K.

Host-parasite relations of bacteria and phages can be unveiled by oligostickiness, a measure of relaxed sequence similarity
,Bioinformatics,25(5):563-570 2009
S. Ahmed, A. Saito, M. Suzuki, N. Nemoto, K. Nishigaki

Rapid In Vitro Synthesis of Pico-mole Quantities of Peptides
,Chem. Let.,37:1250-1251 2008
K. Kitamura, C. Yoshida, M. Salimullah, Y. Kinoshita, M. Suzuki, N. Nemoto, K. Nishigak

医薬シーズとしての特異的結合性ペプチド(ペプチドアプタマー)の開発
埼玉大学総合研究機構地域共同研究センター産学連携推進部門,埼玉大学地域共同研究センター紀要,8:31-31 2007
西垣 功一, Md. Salimullah, 二上 雅恵, 木下 保則, 内田 秀和, 根本 直人, 門脇 知子, 山本 健二
日本を始め、多くの先進国は超高齢社会を迎えつつあり、老人に多い脳神経疾患の一つであるアルツハイマー病の治療薬が遍く待望されている。そこで、本研究はその原因タンパク質Aβ42 に特異的に結合し、重合を阻害するペプチドの開発を目指した。本年度の研究では先行研究(「地域結集型埼玉バイオプロジェクト」での研究)を受け、Aβ42 に結合するペプチドとして予備的にスクリーニングされたペプチド群の解析を行ない、評価系の開拓を行うとともに、新たな分子ライブラリー(“環状化可能ペプチド”など)を構築し、一層有力な分子をスクリーニングする準備を行った。この際、迅速スクリーニングのために体積活用型マイクロアレイ(MMV)の実用化を進め、反応条件・操作法の改良に努meた。 一方、周知の如く、高齢社会では「ガン治療」が、重要な医学テーマである。そこで、先 行研究からガン抑制効果が期待されている「カテプシンE“活性向上”ペプチド」の淘汰を すすめ、高い活性を有する数種のペプチドを得た。この際に、ペプチドーペプチド相互作用 を記述するために有効な「タンパク質表面構造のエピトープ様領域への分割・データベース 化」の研究を開始した。

学会発表
Searching for Function of Peptides Consisting of Four Kinds of Amino Acids by cDNA Display Method
The Molecular Biology Society of Japan,The 35th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan, (Fukuoka, 2012):3P-0762 2012

cDNA display法によって得られたIL-6R結合ペプチドアプタマーのアンタゴニスト活性
日本分子生物学会,第33回日本分子生物学会年会(BMB2010):372(3P-1172) 201112
根本直人、筒井千尋、上野真吾、町田雅之、坂井貴文

A β 42 結合ペプチドの創製
日本分子生物学会,第33回日本分子生物学会年会(BMB2010):305(2P-1221) 201112
上野-辻幸香、井口翔、小松将之、顧 然、堀田優子、鈴木美穂、根本直人、崎村建司、西垣功一

Development of a high-throughput cell-based bioassay for novel bioactive peputides
日本分子生物学会,第33回日本分子生物学会年会(BMB2010):235(1P-1210) 201112
Masayuki Komatsu, Mizuho Sawada, Sachika Tsuji-Ueno, Ran Gu, Koichiro Kitamura, Yuko Hotta, Miho Suzuki, Naoto Nemoto, Kenji Sakimura, Koichi Nishigaki

Aβ42結合ペプチドの生物活性を測定するセル/ウェル-ベーストバイオアッセイの開発
日本生物物理学会,50:S162(3P101) 201109
Ran Gu, M.Suzuki, N.Nemoto, K.Nishigaki

シュートゲノム解析:セルタイプ/セルフェーズの迅速モニター
日本生物物理学会,50:S162(3P102) 201109
T.Watanabe, M.Suzuki, N.Nemoto, K.Nishigaki

ペプチド試料の微量迅速機能解析:in vitro translation /MS/gel shift assay
日本生物物理学会,50:S99(2P-098) 201109
M.Komatsu, N.Nemoto, K.Nishigaki

遺伝子型-表現型対応付け戦略から見た初期翻訳系の起源へのアプローチ
日本生物物理学会,50:S70(1P-285) 201109
N.Nemoto, Y.Husimi

無細胞翻訳系合成タンパク質の迅速な精製技術とそのタンパク質間相互作用解析への応用
日本蛋白質科学会,10:1P-098 201106
福島貴之,小林寿珠子,鈴木美穂,西垣功一,久保泰,根本直人

cDNA display法: mRNA display (in vitro virus)法の改良による新機能ペプチドの創出
日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会(BMSJ2009):429 (3P-0825) 2009
根本直人、山口淳一、モハメッド・ナイムジン、マニッシュ・ビヤニ、町田雅之、伏見譲

cDNA/mRNAディスプレイ(in vitro virus法)に最適なmRNA構造
日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会(BMSJ2009):429 (3P-0827) 2009
木村真之介、望月祐樹、鈴木美穂、西垣功一、根本直人

cDNAdisplay法によって得られたIL-6R結合ペプチドアプタマーとその特徴
日本ペプチド学会,第46回ペプチド討論会:43(O-19) 2009
根本 直人, 山口 淳一, ナイムジン モハメッド, 町田 雅之, 伏見 譲,

Gel-shift selection: a novel screening of translation enhancer sequence for efficient cell-free protein synthesis
日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会(BMSJ2009):537 (4P-0828) 2009
Manish Biyani, Naoto Nemot, Takanori Ichiki

タンパク質に超高度親和性を有するペプチドの解離定数測定
日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会(BMSJ2009):429 (3P-0839) 2009
井口翔、北村幸一郎、上野(辻) 幸香、鈴木美穂、根本直人、西垣功一

新規ピューロマイシン・リンカーを用いたcDNA ディスプレイ法の簡便で効率的な調整法
日本分子生物学会,第32回日本分子生物学会年会(BMSJ2009):429 (3P-0826) 2009
望月祐樹、ビヤニ・マニッシュ、鈴木美穂、西垣功一、根本直人